> カード上のファイルをアプリから操作しない方がいい理由を
> お聞かせいただけると幸いです。

過去に私のお客さんのところで、SD カード上の画像データを直接 PC から操作して、カード上の全データが読み出せなくなってしまったことを３回ほど経験しております。（それぞれ異なった環境です。）

特に SPP はホワイトバランスの変更、カラーモードの変更、ノイズリダクションの変更、倍率色収差補正値の変更を行った時には即時で X3F ファイルを上書きします。

運が悪いとその時点で書き込みに失敗する可能性があると思っています。フラッシュメモリ媒体は信頼性に関してイマイチなところがありますので、可能な限り、固定ディスクにコピーしたデータを操作すべきと言うのが私の意見です。