maro様
早速のレス有難うございます。

> OS が SD カードをリムーバブルディスクとみているかどうかで挙動が変わってきますので、使っている OS と SD カードの組み合わせによっては起きる可能性はあります。
>
ボクの環境はWindows7Professional_64bit、USB3.0経由でカードリーダーを使っています。
OSからはリムーバブルディスクとして認識されています。
この掲示板へ書き込みの後、
さらに検証しようと別のSDHCカードで試したところ
問題なく「スンナリ」削除されました。
はじめに使ったSDHCカードに何らかの問題があったのかも知れません。
コレまで多分10年ぐらい、
どのカードでも、どのカメラのデータでも
こんなコトを経験しておりませんでしたので
X3Fの仕様か？と思ってしまいました。

> が、カードリーダーに挿した SD カードのファイルをアプリケーションで操作することは、絶対にやらない方が良いことですので、一度固定ディスク装置内のボリュームにファイルをコピーしてそのファイルを処理する事を強くお勧めします。
>
ご推奨ありがとうございます。
もしよろしければ、
カード上のファイルをアプリから操作しない方がいい理由を
お聞かせいただけると幸いです。
コレまで、ボクはスナップカメラの画像に関しては
SD、CFを問わず、基本的にカードに残しっぱなしで
カード内のRAWファイルから現像し、PC内蔵のHDDに書き出し
不要な画像は削除し、ほどほど一杯になると
外付RAID_HDDに「移動」する運用法を使ってました。
その理由はHDD上であまりファイルの移動をしたくなかったからです。