> １　プロテクタをはずして撮影してもＡＦで合焦しますか？

赤外線写真でなければ、多分合焦します。ただし、画面全体にマゼンタが被りますので、モノクロ化する以外に鑑賞する手立てはありません。

> ２　ＳＩＧＭＡの方にはプロテクタを外して付け直したらピント調節が必要だ、と言われました。　そんなにシビアなのでしょうか？　

SD14 と SD15 で年２〜３回ほどプロテクタを外してセンサーのクリーニングをしましたが、それが原因で AF が甘くなった覚えはありません。

★重要なことを追加しておきます。赤外線写真をお撮りになろうとするのであれば、AF での合焦をアテにしてはいけません。上記の様に AF センサーが赤外領域まで対応しているかどうかがわからないからです。

マニュアルフォーカスの時代のレンズには R マークがあって、赤外線写真を撮る時には、一度合焦させた後、その位置まで距離環をずらす必要がありました。

つまり、一般的な工学ガラスは赤外線に対しては屈折率が低くなりますので、ピント位置を少し手前にしないと赤外線領域にピントが合わなくなるからです。

ただし、AF センサーが赤外領域にも感度がある場合は、普通に合焦すると考えて良いでしょう。