先日現像したX3FファイルをHP用にアルバムにしようとしていてふと気づくと
ファイル名がIMG00001.jpgになってることに気づきました。
無意識のうちに設定変えちゃったかな？と放置していたのですが、
昨日また撮影に出かけて出来上がったファイルを見てみると
最初の一枚はやはり00001になっており、00009までいったところで
25464に急に飛んでました。先日のファイルのほうも見直してみると
00001,00002,25258という順で、最後は25463。
これってなんなんでしょう？そろそろオーバーホールに出してくれという
SD9のメッセージかなぁ・・・

きゃははは。って笑ってはいけませんが、私の SD10 でも同じ現象が発生
しています。シグマさんに修理に出しましたが直りませんでした。

なぜか CF の中に IMG00001 と IMG00002 を残して、さらに一番大きな番号の
3 枚を残しておくと、撮影途中に IMG00001 に番号が戻って数枚撮れたあと、
再び大きな番号から続く現象は出なくなります。

何も記録されていない CF の時には、 80% くらいの確率で、番号飛びが発生
します。その現象が出るのは電源を一度 OFF にした時ですので、ず〜〜〜と
電源を入れっぱなしにしておけば大丈夫かも知れません。（＾＾；

この現象が出たときは、CF にある IMAGE フォルダの中のファイルを全て日付
順に並び替えたあと、番号をふり直し、ディスクに転送します。いわゆるファ
イラと呼ばれるソフトを持っていないとチョット面倒です。

ファームウェアの不具合と思われます。

私のSDも同様の症状が起こります、電池の残量が少なくなってきたときによく起こるみたいです．
maroさんの仰るとおり電源を入れたときが８割、残りの２割が撮影の真っ最中に起こりました、私はこの現象を見つけたときにはプレビューで枚数を確認して撮影サイズをLowにしてピンぼけアンダー写真を取っておいて後でリネームしてましたが、撮影時間で並べ替えるのも手軽でよさそうですね。

私のSD10で二台ともなります。

二台で番号がかぶらないように、片方を大きな番号からスタートさせてますが、20,000を過ぎてから発生するようです。なので、今は片方は1からでもう一つは10,001からにしています。

試しにCFのファイルをIMG50000.X3Fぐらいにして撮影してみると、飛ぶのが容易に確認できるはずです。

ファイルのリネームですが。
FileRenamer2000
http://www.d1.dion.ne.jp/~obiyan/freesoft/freesoft.html

これがおすすめです。
ソート方法でファイル日付を選べば、日付時刻順でリネームできます。
事前にリネームの確認ができます。
また、リネームと同時にコピーができるので、元ファイルはそのまま残してリネームしたファイルを指定のフォルダへコピーすることができます。

SD10二台をバッファがいっぱいになったらボディを交換するという形で平行して使っているので、ファイル名では同じシチュエーションのカットが泣き別れになってしまいます。ですので、リネームで並び替えています。
SD10の時計は合わせておかないと駄目ですけどね。

ははぁ、どうやら一般的な現象のようですね。ファームのバグ（仕様）かな？
カメラ、レンズ本体のことでなければSigmaさんに出しても改善はあまり期待できなさそうですね。
まあ、私の場合は最近一日にCF一枚しか使わないことがほとんどだし、その日の撮影分の中で
順序が狂わなければあまり問題ありませんので気にしないことにします--；
ファイルのリネームは数年前なら自分でバッチファイルを書いてPC上でえいやと一気にやってしまう
ところですが、今はなんとなくそれも面倒になってしまいました。
でも、一回ちゃんとしたバッチ作っとけば次からはフォルダと開始番号指定だけでいけるはずですよね・・・